Total ada sepuluh unggulan turnamen yang menelan kekalahan dari non unggulan pada babak kedua Japan Open 2018:
Berikut daftar unggulan yang kalah pada babak kedua Japan Open 2018:
Tunggal Putra
- Chou Tien Chen (Taiwan) [5] vs Lin Dan (China): 21-10, 15-21, 19-21
- Son Wan Ho (Korea) [4] vs Lee Dong Keun (Korea): 13-21, 13-21
Tunggal Putri
- Tai Tzu Ying (Taiwan) [1] vs Chen Xiaoxin (China): 18-21, 14-21
- Pusarla V. Sindhu (India) [3] vs Gao Fangjie (China): 18-21, 19-21
Ganda Putra
- Takeshi Kamura/Keigo Sonoda (Jepang) [3] vs Kim Won Ho/Seo Seung Jae (Korea): 21-16, 18-21, 18-21
- Mathias Boe/Carsten Mogensen (Denmark) [5] vs Jelle Maas/Robin Tabeling (Belanda): 21-14, 17-21, 12-21
- Kim Astrup/Andres Skaarup Rasmussen (Denmark) [8] vs Chen Hung Ling/Wang Chi-Lin (Taiwan): 16-21, 15-21
Ganda Putri
- Misaki Matsutomo/Ayaka Takahashi (Jepang) [2] vs Du Yue/Li Yinhui (China): 21-12, 25-27, 11-21
Ganda Campuran
- Tang Chun Man/Tse Ying Suet (Hong Kong) [4] vs Yuta Watanabe/Arisa Higashino (Jepang): 14-21, 21-15, 16-21
- Hafiz Faizal/Gloria Emanuelle Widjaja (Indonesia) [8] vs Takuro Hoki/Koharu Yonemoto (Jepang): 21-19, 15-21, 14-21