Terverifikasi Administratif dan Faktual oleh Dewan Pers
Puncak prestasi Bayi Ajaib kemudian berlanjut pada Divisi Utama musim 1999/2000.
Persikota Tangerang berhasil menembus babak semifinal Liga Indonesia berhadapan dengan Pupuk Kaltim Bontang.
Namun, di semifinal tersebut Persikota harus terhenti dengan skor tipis 3-4.
Di Divisi Utama musim 2001, Persikota mengganti pelatih terdahulu mereka Sutan Harhara dengan seorang marinir mantan pemain mereka, Rahmad Darmawan.
Baca Juga: Agen Lautaro Martinez Sebut Sudah Ada 4 Klub yang Menanyakan Kliennya
Di tangan Rahmad Darmawan prestasi Persikota mengalami pasang surut dan hanya mampu bersaing di papan tengah klasemen.
Kondisi seperti ini dialami Persikota hingga terakhir mereka harus menerima kenyataan tidak dapat lolos ke Liga Super Indonesia pada musim 2008/2009.
Kondisi semakin buruk dialami Persikota setelah musim tersebut. Mereka mengalami kesulitan dalam hal pendanaan.
Pada rentang waktu tersebut Persikota seakan mati suri dengan tidak mempunyai tim ataupun kepengurusan.
Kini Persikota Tangerang mencoba membangun kembali reputasinya di sepak bola Indonesia dengan tergabung dalam Liga 3 Provinsi Banten.
Pada musim lalu Persikota berhasil menembus babak 32 besar nasional.
Baca Juga: Agen Lautaro Martinez Sebut Sudah Ada 4 Klub yang Menanyakan Kliennya